W tym czasie, w roku 1784 poślubił Katarzynę Marsanovą, z którą doczekał się czwórki dzieci. W roku 1792 Strnad otrzymał z kolei urząd dziekana Wydziału Filozofii, a już w 1795 wybrano go rektorem całego Uniwersytetu Karola.
Badania naukowe thumb|Zegar astronomiczny uratowany przez Strnada po remoncie Meteorologia Wraz ze Steplingiem, Strnad prowadził regularne obserwacje meteorologiczne, co zaowocowało pozyskaniem większego doświadczenia z tego zakresu. Do dziś zachowały się zapiski naukowca od roku 1775, świadczące o tym, że rozpoczął w Clementinum prowadzenie systematycznych pomiarów (temperatury powietrza, ciśnienia, kierunku i prędkości wiatru oraz sumy opadów), kontynuowanych do dziś. Zajął się także rozbudową sieci stacji meteorologicznych, m.in. w Žatecu, Choceňiu i Telču, zgodnie z postulatami wysuwanymi przez świeżo powołane w Mannheim Societas Meteorologica Palatina, które swym zasięgiem objęło większość Europy.