Komisja powołuje stałe i w razie potrzeby doraźne zespoły problemowe. Pracami Komisji kieruje dwoje Współprzewodniczących, ze strony rządowej jest to minister właściwy do spraw administracji publicznej, ze strony samorządowej wybrany spośród własnego grona przedstawiciel. W pracach Komisji mogą uczestniczyć osoby spoza jej składu, zarówno w pracach poszczególnych zespołów, jak i w charakterze ekspertów wspierających prace Komisji.
Zadania i tryb działania Zadania Zadania Komisji zostały określone w art. 3 Ustawy. Należą do nich m.in.: opiniowanie projektów aktów normatywnych, programów i innych dokumentów rządowych dotyczących problematyki samorządu terytorialnego ocena funkcjonowania samorządu terytorialnego w kontekście integracji z Unią Europejską wypracowywanie wspólnego stanowiska stron rządowej i samorządowej w zakresie „ustalania priorytetów gospodarczych i społecznych”Art. 3 ust. 1 Ustawy. w sprawach dotyczących wszystkich szczebli samorządu terytorialnego
Tryb działania Komisja wyraża opinię, podlegającą wcześniejszemu ustaleniu przez obie jej strony;