Komisja Wspólna Rządu i Samorządu Terytorialnego funkcjonuje pod obecną nazwą od lipca 1993 roku, jednakże przepisy na podstawie których działała, zmieniały się. Przepisami, regulującymi prace Komisji były kolejno: Zarządzenie nr 20 Prezesa Rady Ministrów z dnia 22 lipca 1993 r. w sprawie powołania Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego, zmienione zarządzeniem nr 42 z dnia 25 października 1993 r. i zarządzeniem nr 43 z dnia 14 grudnia 1994 r. Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 15 lipca 1997 r. w sprawie powołania Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego, wydane na podstawie art. 13 ust. 1 ustawy z dnia 8 sierpnia 1996 r. o organizacji i trybie pracy Rady Ministrów oraz o zakresie działania ministrów. Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 5 lutego 2002 r. w sprawie powołania Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego, wydane na podstawie art. 13 ust. 1 ustawy z dnia 8 sierpnia 1996 r. o organizacji i trybie pracy Rady Ministrów oraz o zakresie działania ministrów
Obecnie funkcjonowanie Komisji regulują przepisy Ustawy o Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego oraz o przedstawicielach Rzeczypospolitej Polskiej w Komitecie Regionów Unii Europejskiej z dnia 6 maja 2005 r.