W II poł. XI w. klasztor przyjął regułę benedyktyńską. Sól, określana jako „białe złoto” spowodowała wzrost pewności siebie patrycjuszy miejskich, co z czasem doprowadziło do konfliktu z książętami rezydującymi na zamku. W 1371 zrewoltowani mieszkańcy miasta przypuścili szturm na zamek książęcy na Kalkbergu i zniszczyli go. Zniszczeniu uległ też klasztor św. Michała. Został on zbudowany od nowa, nieopodal zamku, ale już w obrębie murów miejskich na miejscu, gdzie obecnie się znajduje. Klasztor nie został zniesiony, gdy nastała reformacja, lecz istniał nadal jako jedyny męski klasztor w księstwie Lüneburg, przekształcony w konwent ewangelicki. Konwent ten został zniesiony w 1655, a klasztor i należąca do niego Akademia Rycerska (rodzaj szkoły średniej dla szlachetnie urodzonych) zostały zlikwidowane 1 października 1850. Majątek klasztorny przypadł Hanowerskiemu Funduszowi Klasztornemu, istniejącemu dziś jako fundacja Klosterkammer Hannover. Ponieważ większość budynków klasztornych przejęły instytucje świeckie, siedzibą fundacji został kościół św. Michała a jej majątek służy utrzymaniu budynku kościoła.
Ruiny byłego klasztoru znajdują się na północ od kościoła.