Autorem wieży był Boshe, zaś hełmu, krzyża i chorągiewki - Daniel Madler.
Ostatecznie prace ukończono 17 listopada 1683 - rok ten widnieje na chorągiewce, co jest błędnie interpretowane jako data budowy kościoła. Na nowej wieży umieszczono również dzwon z 1643 roku, ocalały po pożarze, który do dziś w każde południe wybija godzinę 12-stą, a także dwa większe - w 1732 roku. W czasie II wojny światowej Niemcy wywieźli XVIII-wieczne dzwony. Dopiero w ostatnich latach dzięki współpracy prof. Januszajtisa z ks. Knapikiem jeden z nich powrócił do kościoła. Na ponad trzystuletnim dzwonie widnieje łacińska inskrypcja: Domine, da pacem in diebus nostris co oznacza: Panie, daj pokój naszym czasom.
W 1945 roku zajęli go katolicy; wtedy też został poświęcony w obrządku łacińskim. 12 czerwca 1946 roku przybył do Stegny pierwszy powojenny duszpasterz. W 1948 roku administrator apostolski diecezji gdańskiej ks. Andrzej Wronka erygował w Stegnie parafię, obejmującą swym zasięgiem niemal całą Mierzeję Wiślaną.