Desperacki czyn porucznika posłużył Niemcom jako pretekst do wymordowania przetrzymywanych w gmachu Polaków. Przygotowania do masakry opisał po wojnie niemiecki weteran, którego jednostka (lotnicza składnica meldunkowa) stacjonowała w tych dniach w Szczucinie. Wspominał on, że do kwatery jego oddziału zgłosił się wieczorem podoficer nazwiskiem Kern (pochodzący z Bawarii), który oznajmił żołnierzom, iż szuka ochotników do stłumienia buntu polskich jeńców. Ochotnikom obiecano Krzyż Żelazny.
Masakra jeńców thumb|Fragment pomnika (prawy) thumb|Fragment pomnika (lewy) Jeszcze tego samego dnia niemieccy żołnierze otoczyli szkołę, po czym przez otwarte okna zaczęli strzelać i ciskać granaty. Po chwili gmach stanął w płomieniach. Niektórzy Polacy chcąc uniknąć spłonięcia żywcem próbowali uciekać przez okna lub dach, lecz zostali wystrzelani. W płomieniach lub od kul zginęło około 40 jeńców wojennych oraz blisko 30 cywilnych uchodźców. Nikomu nie udało się ujść z życiem. Niewyjaśniony pozostał natomiast los grupy ok. 20−25 ciężko rannych jeńców, których przetrzymywano w sąsiednim domu parafialnym.