Bezpieczeństwo Ponieważ programy CGI nie różnią się praktycznie niczym od pozostałych programów uruchamianych na serwerze są tak samo podatne na występowanie błędów i awarie. Ponieważ jednak w większości przypadków programy/skrypty CGI otrzymują oraz przetwarzają dane „z zewnątrz”, bardzo ważne jest, aby sprawdzić dokładnie ich poprawność. Nie ma żadnej gwarancji, że użytkownik strony wypełni wszystkie pola formularza zgodnie z przeznaczeniem, wyśle do serwera poprawne dane lub program/skrypt CGI nie stanie się przedmiotem ataku crackera. Z tych powodów zaleca się stosowanie pewnych reguł podczas pisania programów/skryptów CGI. Należy zwracać szczególną uwagę na bezbłędność aplikacji Wszystkie dane odbierane z zewnątrz powinny być dokładnie weryfikowane szczególnie pod kątem ich rozmiaru, zgodności typu i zawartości Programy/skrypty CGI powinny być uruchamiane z względnie najniższymi uprawnieniami lub, jeśli to możliwe, w odizolowanym środowisku chroot Administrator serwera powinien mieć ścisłą kontrolę nad dostępnymi programami/skryptami CGI.