Po ukończeniu studiów, w 1902 roku McCrae otrzymał stanowisko patologa w Szpitalu Ogólnym w Montrealu, później został przeniesiony do Szpitalu Królowej Wiktorii w tym samym mieście. W 1904 roku został doktorem nadzwyczajnym w tej instytucji, a następnie udał się na kilka miesięcy do Wielkiej Brytanii, aby podnieść swoje kwalifikacje. Po ukończeniu studiów został członkiem Royal College of Physicians. W 1905 roku rozpoczął własną praktykę lekarską, choć nadal pracował w różnych szpitalach. W tym samym roku objął stanowisko patologa w Szpitalu Dziecięcym w Montrealu, a w 1908 roku został skierowany do Królewskiego Szpitala Chorób Zakaźnych im. Alexandry. Do 1911 roku wykładał na Uniwersytecie Vermontu, gdzie piastował stanowisko profesora patologii; wykładał również na Uniwersytecie McGilla w Montrealu. W 1912 roku był jednym ze współautorów podręcznika patologii.
thumb|left|„In Flanders Fields” wystawiony w domu rodzinnym McCrae Po wybuchu I wojny światowej został powołany do armii i prowadził szpital polowy w Belgii;