Podczas ucieczki z oblężonej planety Naboo Qui-Gon z towarzyszami odnaleźli na Tatooine młodego Anakina Skywalkera, którego przy jego wydatnej pomocy wykupili z niewoli. Tuż przed odlotem z planety Mistrz Jedi stoczył nierozstrzygniętą walkę z Darthem Maulem, którego rozpoznał jako Sitha.
Po przybyciu na Coruscant przedstawił Anakina Radzie Jedi i poprosił ją o pozwolenie na zostanie nauczycielem byłego niewolnika. Zgody jednak nie uzyskał. Mimo to postanowił uczyć młodego Skywalkera.
Śmierć Po wygranej bitwie z federacją handlową Qui-Gon Jinn i Obi-wan Kenobi znaleźli się przy bramie, gdzie rozpoczęli walkę z Darth Maulem. Walczyli z nim, dopóki nie znaleźli się w szybie. Qui-Gon Jinn, oddzielony od swojego ucznia, stoczył walkę z Sithem, który przebił go swoim mieczem. Chwilę później Obi-Wan Kenobi pomścił jego śmierć, przecinając zabójcę mieczem w talii i zrzucając go do szybu. Tuż po tej walce Qui-Gon Jinn umiera poprosiwszy Obi-Wana, by uczył Anakina.