Krytykowano również wprowadzenie masowej wycinki z użyciem ciężkiego sprzętu w Puszczy Białowieskiej; w lipcu 2017 Komisja Europejska wystąpiła przeciwko Polsce do Trybunału Sprawiedliwości UE, wskazując, że prowadzona wycinka drzew stanowiła poważne zagrożenie integralności obszaru Natura 2000, nie była zgodna z celami ochrony Puszczy Białowieskiej i przekraczała środki, jakich można używać do zapewnienia zrównoważonego użytkowania lasu. W kwietniu 2018 Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej orzekł, że wycinka ta była niezgodna z prawem unijnym.
Odznaczenia, wyróżnienia i upamiętnienie Jan Szyszko otrzymał następujące odznaczenia i wyróżnienia: tytuł honorowego obywatela Wielunia; tytuł honorowego obywatela Krościenka nad Dunajcem; tytuł doktora honoris causa Leuphana Universität Lüneburg (za badania nad biegaczowatymi); Nagrodę im. Ettore Majorany „Nauka dla Pokoju” (2008) – przyznawaną m.in. przez Papieską Akademię Nauk; Wielki Order Świętego Ottona z Bambergu (2016) – odznaczenie archidiecezji szczecińsko-kamieńskiej; Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (2019, pośmiertnie).
W 2022 odsłonięto pomnik Jana Szyszki w Jarocinie.
Życie prywatne Syn Jana (zm. 1987) i Eleonory (zm. 1990).