Za głównego przeciwnika uważano jednak ZSRR.
W lutym 1944 VLIK ogłosił deklarację, w której zapowiedział, że przyszła Litwa będzie miała demokratyczny ustrój polityczny z wybieranym parlamentem, oparty na konstytucji z 1922. W tym czasie VLIK wysłał płk. Kazimierasa Amraziejusa do Sztokholmu, ale w Estonii został schwytany przez Gestapo. Po brutalnych przesłuchaniach wydał innych działaczy VLIK. W rezultacie pod koniec kwietnia tego roku doszło do aresztowań wielu członków organizacji. Kiedy w poł. 1944 Armia Czerwona zbliżyła się do granic Litwy, większość działaczy VLIK uszło do Niemiec. Doprowadziło to do chwilowego zaniechania działalności. Reaktywowano ją w październiku w Würzburgu. Wkrótce VLIK przeniósł się do Reutlingen, gdzie pozostał do 1955. Przed końcem działań wojennych nowym przewodniczącym zdążył jeszcze zostać Mykolas Krupavičius. W lipcu 1945 kierownictwo VLIK wysłało memorandum skierowane do przywódców USA i Wielkiej Brytanii, w którym domagało się nieuznania sowieckiej okupacji Litwy i uzyskania pomocy dla odzyskania niepodległości. W kolejnych latach wysyłano pisma do rządów różnych państw, dyplomatów, ludzi nauki, dziennikarzy, promując sprawę niepodległości litewskiej i przedstawiając zbrodnie radzieckie.