W obszernej analizie łuskonośnych Gauthier i współpracownicy (2012) uzyskali odmienną pozycję filogenetyczną tego taksonu: w analizie opartej na zasadzie największej parsymonii Estesia znajdowała się na drzewie filogenetycznym poza Varanoidea jako takson siostrzany dla tego kladu, natomiast analiza wykorzystująca wnioskowanie bayesowskie mocno wspierała hipotezę o bliższym pokrewieństwie Estesia z waranami niż z helodermami.
Budowa i paleobiologia Estesia jest największym znanym przedstawicielem Monstersauria – długość czaszki holotypu wynosi ok. 15 cm. Na czaszce Estesia prawdopodobnie nie występowały przyrośnięte do niej osteodermy – odkrycie w 1997 roku niewielkiej bliznowatej struktury na wyrostku nadskroniowym zasugerowało, że Estesia mogła mieć niewielkie czaszkowe osteodermy, jednak nie odkryto ich u żadnego ze znanych okazów. Zęby były zakrzywione ku tyłowi i ostro zakończone. Długie kanaliki umiejscowione wzdłuż zębów są podobne do kanalików jadowych występujących u współczesnych heloderm. Podobne struktury występują również u innych jaszczurek blisko spokrewnionych z helodermami, co sugeruje, że również Estesia była jadowita.