Warunki naturalne Nowy Port jest dzielnicą mieszkaniowo-portową, dawniej mieszkaniowo-portowo-przemysłową, znajdującą się w północnej części miasta nad brzegiem morza. Dzielnica w całości leży w mezoregionie Pobrzeże Kaszubskie, zachodnia i północno-zachodnia granica dzielnicy (ze Stogami z Przeróbką) jest granicą pomiędzy mezoregionami – Stogi leżą już na Mierzei Wiślanej.
Na terenie Nowego Portu znajduje się stacja meteorologiczna. Temperatury notowane w Nowym Porcie są minimalnie niższe niż te obserwowane w innych okolicznych stacjach. Różnica ta jest szczególnie widoczna wiosną i jesienią.
Zabudowa thumb|Baza Promowa PŻB
Obiekty portowe Znaczna część terenu dzielnicy, położona wzdłuż Kanału Portowego i Martwej Wisły, leży w granicach morskiego portu GdańskGranice portu morskiego w Gdańsku są określone rozporządzeniem Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z 1998 roku, zob. . Zarząd przedsiębiorstwa Morski Port Gdańsk SA ma siedzibę przy ul. Zamkniętej 18. Najważniejsze obiekty portowe w Nowym Porcie to, zaczynając od zachodu: Basen Władysława IV z nabrzeżami WOC I i WOC II; nad Kanałem Portowym: Nabrzeże Kpt. Ziółkowskiego; Kapitanat Portu Gdańsk przy ul. Przemysłowej 4; Baza Promowa PŻB przy ul.