Liga Muzułmańska jest także zaangażowana w dialog międzywyznaniowy i kwestie pokojowego współistnienia różnych kultur, cywilizacji i ras.
Organizacja Zgodnie ze statutem Ligi jej Przewodniczący, Rada Naczelna i Rada Nadzorcza są wybierani podczas Kongresu Ligi, który odbywa się co cztery lata i w którym biorą udział delegaci Ligi z różnych miast.
Liga Muzułmańska oficjalnie jest niezależna pod względem organizacyjnym i ideologicznym, czyli niepowiązana z żadną organizacją, państwem, ruchem religijnym ani ruchem politycznym, a jej statut został oficjalnie zatwierdzony przez Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji.
Rada Imamów składa się z 7 imamów na czele z muftim Ligi Muzułmańskiej w RP. W organie tym zasiadają osoby legitymujące się wyższym wykształceniem w zakresie prawa i teologii islamu. Ich głównym zadaniem jest sprawowanie posługi religijnej dla społeczności muzułmańskiej w Polsce: prowadzenie wspólnych modlitw, wygłaszanie kazań piątkowych, udzielanie ślubów religijnych, wydawanie zaświadczeń w kwestii spraw religijnych itp.