W czasie powstania styczniowego miasto aktywnie wspierało powstańców. W wyniku represji, 31 października publicznie stracono powstańczego burmistrza Jana Justynowicza oraz Ludwika Gierata, a w Stoczek utracił prawa miejskie i został włączony do gminy Prawda (pozostał jej siedzibą).
Podczas I wojny światowej Stoczek znajdował się pod okupacją niemiecką. W odzyskał prawa miejskie. W dwudziestoleciu międzywojennym w mieście odbywały się największe w Polsce i jedne z największych w Europie targi końskie prowadzone przez żydowskich kupców.
W czasie II wojny światowej 12 września 1939 roku miasto zostało zajęte i spalone przez niemieckie oddziały, w późniejszym czasie weszło w skład Generalnego Gubernatorstwa i na czas okupacji niemieckiej przyłączone do powiatu garwolińskiego. Jesienią 1941 roku utworzono nieogrodzone getto, w którym znalazło się około Żydów z Stoczka Łukowskiego oraz m.in. z Garwolina, Prawdy i Mysłowa. Rok później, getto zlikwidowano, a osoby w nim przebywające deportowano do obozu zagłady w Treblince. W okolicy działały liczne oddziały partyzanckie kpt. Wacława Rejmaka ps. Ostoja. Podczas trwania wojny w Stoczku prowadzone były kolonie głównie dla dzieci powstańców z Warszawy.