O jego małym znaczeniu świadczy fakt, że w 1458 roku w czasie wojny trzynastoletniej prowadzonej z Zakonem Krzyżackim osada była zobowiązana wystawić tylko dwóch pieszych. Z okresu lokacji Ślesina pochodzi jego układ urbanistyczny o małomiasteczkowej zabudowie z murowanymi parterowymi domami.

W XVI wieku Ślesin znajdował się na terenie województwa kaliskiego w ramach prowincji wielkopolskiej, powiatu konińskiego (w innych granicach niż obecnie). Od 1579 roku używana jest obecna nazwa miasta. W tym roku w rejestrze podatkowym umieszczono adnotację o jego przynależności do biskupów poznańskich. We wpisie z 1618 roku określono Ślesin jako wieś, w której pracuje 4 rzemieślników i 2 rybaków. Pozostali mieszkańcy zajmowali się rolnictwem. W 1604 roku na miejscu zniszczonej świątyni postawiono murowany kościół w stylu gotyckim. W 1900 roku na ocalałych fundamentach wzniesiono tam prezbiterium i 2 kaplice, które istnieją do dziś.