Ukształtowanie terenu i wody Niemal cała dzielnica leży na Wysoczyźnie Gdańskiej i charakteryzuje się łagodnym pofałdowaniem terenu. Do strefy krawędziowej wysoczyzny zaliczono jedynie górny odcinek doliny Strzyży oraz podmokłości w rejonie ulicy św. Brata Alberta. Szczególnymi walorami krajobrazowymi wyróżnia się rejon Smęgorzyna o urozmaiconej, pofałdowanej rzeźbie terenu.
Przez obszar dzielnicy przebiega południkowo dział wodny pomiędzy zlewniami Raduni na zachodzie oraz Kanału Raduni i Martwej Wisły na wschodzie. W Kokoszkach znajdują się źródła Strzyży, ostatniego dopływu Martwej Wisły. Przez zachodnią część dzielnicy płyną Potok Smęgorzyński oraz potok Strzelniczka, na których zaplanowano lub zrealizowano sieć zbiorników retencyjnych: Strzelniczka I, Strzelniczka II, Budowlanych I, Budowlanych II oraz Maszynowa. W 2021 roku ogłoszono przetarg na budowę w rejonie ulic Kartuskiej, Stokłosy i Bysewskiej zbiornika retencyjnego „Kartuska” z odpływem do potoku StrzelniczkaGdańsk szykuje kolejny zbiornik retencyjny. Ruszył przetarg na zaprojektowanie obiektu w Kokoszkach. Zbiornik Strzelniczka II oddano do użytku w 2024 roku.