W wyborach w 2019 z listy PSL z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję, otrzymując 19 272 głosy. Został tym samym pierwszym posłem wybranym z listy PSL w województwie pomorskim od 2001. W Sejmie IX kadencji został członkiem klubu zorganizowanego wokół Polskiego Stronnictwa Ludowego, Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych oraz Komisji do Spraw Służb Specjalnych. W czerwcu 2021 powołał m.in. wraz z Kazimierzem Michałem Ujazdowskim think tank Centrum Dobrego Państwa. W tym samym miesiącu został wiceprzewodniczącym stowarzyszenia „Tak, Polska!”.
W wyborach w 2023 został wybrany do Sejmu X kadencji z ramienia Trzeciej Drogi z wynikiem 34 369 głosów. W grudniu tego samego roku został kolejny raz przewodniczącym Komisji do Spraw Służb Specjalnych. Zasiadł też w Komisji Gospodarki i Rozwoju oraz Komisji Kultury i Środków Przekazu.
Wyróżnienia W 2001 został wyróżniony Medalem Honorowym im. Józefa Tuliszkowskiego. W 2014 Marek Biernacki otrzymał tytuł „Honorowego Ambasadora Miasta i Gminy Prabuty”. W 2015 został odznaczony Odznaką Honorową za Zasługi dla Samorządu Terytorialnego.