Ogółem w barwach Morelii występował przez cztery lata.
Latem 2011 Hernández przeszedł do klubu CF Pachuca, gdzie jako podstawowy zawodnik spędził sześć miesięcy bez większych sukcesów, po czym został zawodnikiem ówczesnego mistrza Meksyku – ekipy Tigres UANL z siedzibą w Monterrey. Tam występował przez kolejne półtora roku, mając pewne miejsce w wyjściowym składzie, jednak nie potrafił spełnić oczekiwań jako następca Danilinho i nie zanotował poważniejszych osiągnięć. W lipcu 2013 udał się na wypożyczenie do drużyny Club León, w której od razu został podstawowym skrzydłowym i w jesiennym sezonie Apertura 2013 zdobył z zespołem prowadzonym przez Gustavo Matosasa swoje pierwsze mistrzostwo Meksyku. Sukces ten powtórzył również sześć miesięcy później, podczas rozgrywek Clausura 2014, a dzięki udanym występom po upływie roku dołączył do Leónu na zasadzie transferu definitywnego. W sezonie Apertura 2015 dotarł natomiast do finału krajowego pucharu – Copa MX.