Początkowo minoryci używali dawnej świątyni klasztornej Gruzinów. Ten niewielki kościół stał się też pierwszym kościołem parafialnym odradzającej się po czasach rekonkwisty muzułmańskiej jerozolimskiej wspólnoty katolickiej. Najstarsza zachowana księga parafialna sięga 1664, zanotowano w niej liczbę 68 praktykujących lokalnych katolików. W tym czasie kościół wyposażony był w organy. W ciągu następnego stulecia znacznie wzrosła liczba parafian. Franciszkanie zaczęli zabiegać o pozwolenie na powiększenie kościoła. Władze tureckie nie chciały takiego pozwolenia udzielić. W 1869 cesarz Franciszek Józef I, noszący m.in. tytuł króla Jerozolimy, we własnej osobie odwiedził klasztor Najświętszego Zbawiciela i zaczął czynić starania zmierzające do rozbudowy kościoła, przeznaczając na ten cel odpowiednie fundusze. O pozwolenie na powiększenie kościoła zabiegali również dyplomaci innych mocarstw europejskich. Władze tureckie pozwoliły na wybudowanie nowego kościoła na miejscu poprzedniej świątyni klasztornej 9 listopada 1880. Oficjalny dokument nosi datę 14 lutego 1883. Pismo zostało dostarczone ambasadorowi francuskiemu w Stambule 25 lutego 1883. Kamień węgielny położył kustosz Ziemi Świętej franciszkanin o. Guido da Cortona 29 listopada 1883. Dzwonnicę ukończono 27 maja 1884.