Podczas kryzysu z Garym Clarkiem, Owen podejmuje próbę powstrzymania go i zostaje postrzelony w ramię.
W siódmym sezonie, Owen bierze nagły ślub z Cristiną. Ponadto organizuje specjalny kurs urazowy dla rezydentów. Najlepiej zalicza go April Kepner. Po jakimś czasie pojawiają się jednak pewne problemy małżeńskie, pomiędzy Owenem a Cristiną. Yang oświadcza, że nie zamierza mieć dzieci, natomiast Hunt mówi, że chciałby mieć kiedyś rodzinę, a także, że Cristina musi przynajmniej udawać, że zależy jej na zdaniu męża. W finale siódmego sezonu, Cristina orientuje się, że spodziewa się dziecka. Kłoci się z Owenem, ponieważ on chce dziecka, a ona – nie. Ostatecznie podejmuje decyzję o aborcji. Owen, dowiedziawszy się o tym, wyrzuca ją z domu, ponieważ Yang nie liczy się z jego zdaniem.
W ósmym sezonie Cristina dokonuje aborcji z czym Owen nie może się pogodzić, Owen zostaje nowym szefem chirurgii, po rezygnacji Richarda Webbera. Jego związek z Cristiną nadal wisi na włosku, zwłaszcza gdy Owen przyznaje się żonie, że ją zdradził. W wyniku tego Cristina decyduje się na wyprowadzkę do Minnesoty, by dołączyć do tamtejszego programu kardiochirurgii.