Na przełomie 481 i 482 roku przybył do Aleksandrii pisarz pogański Pamprepios, zwolennik pogańskiego magistra officiorum Illusa, nawołujący do powstania przeciw cesarzowi Zenonowi i odczytujący przepowiednie o rychłym upadku i zniknięciu chrześcijaństwa, którego Damascjusz określił jako bestię bardziej szaloną niż Tyfon. W 485 roku napięcia pomiędzy poganami i chrześcijanami doprowadziły do wybuchu zamieszek. Dopiero w 488 roku po upadku walczącego o władzę w państwie Illusa, delegat cesarski z Nikomedii przeprowadził w Aleksandrii śledztwo w sprawie wcześniejszych zamieszek. Indagowani zachowali milczenie, z wyjątkiem Amoniusza syna Hermiasza, który jak twierdzi Damascjusz, dla brudnego zysku zdradził imiona kilku swoich uczniów i kolegów. W wyniku działań policji torturom został poddany młodszy brat Damascjusza, Julian. Izydor schronił się wówczas u Damascjusza, po czym obydwaj opuścili Aleksandrię.
Damascjusz udał się do Aten, gdzie dalej nauczał retoryki i kontynuował studia filozoficzne, w szkole której kierownikiem po śmierci Proklosa w 485 roku został Marinos. Damascjusz studiował u niego szczególnie geometrię i arytmetykę, nie miał jednak wysokiego mniemania o jego umiejętnościach. Filozofii uczył się u Zenodota oraz Izydora.