Szkolnictwo na ziemiach litewskich i ruskich dawnej Rzeczypospolitej (wyd. Towarzystwo Naukowe Warszawskie i Instytut Historii Nauki PAN) i Kazimierz Krajewski za książkę Na Ziemi Nowogródzkiej. „NÓW” – Nowogródzki Okręg Armii Krajowej (wyd. Instytut Wydawniczy PAX) Nagroda Specjalna: Roman Dzwonkowski za książkę Kościół katolicki w ZSRR 1917-1939. Zarys historii i losy duchowieństwa katolickiego w ZSRR 1917-1939 (wyd. Towarzystwo Naukowe KUL) i Norman Davies za książkę Europe. A history (wyd. Oxford University Press) 1998 Nagroda Krajowa: Barbara Stoczewska za książkę Litwa, Białoruś, Ukraina w myśli politycznej Leona Wasilewskiego (wyd. KUL) i Leon Popek „za prace autorskie i wydawnicze poświęcone historii, kulturze i sztuce Wołynia” Nagroda w kategorii publicystyki i badań nad współczesnością: Andrzej Grajewski za książkę Tarcza i miecz. Rosyjskie służby specjalne 1991-1998 (wyd. Biblioteka Więzi) Nagroda Specjalna: Jerzy Kłoczowski 1999 Nagroda Zagraniczna: Leonid Gorizontow za książkę Paradoksy imperskoj polityki. Poliaki w Rossjii i russkije w Polsze (wyd. Indrik) Nagroda Krajowa: Piotr Paszkiewicz za książkę W służbie Imperium Rosyjskiego 1721-1917. Funkcje i treści ideowe rosyjskiej architektury sakralnej na zachodnich rubieżach Cesarstwa i poza jego granicami (wyd.