Od roku następnego do 1994, zachowując pracę w Akademii, wykładał również w seminarium duchownym, którego był absolwentem. Ponadto służył w cerkwi św. Serafina z Sarowa przy zakładach produkcji dewocjonaliów „Sofrino”. W marcu 1991 jako archimandryta (godność otrzymał w 1989) został przełożonym Monasteru Nowospasskiego w MoskwieBiogram w bazie danych Patriarchatu Moskiewskiego. Monaster ten w tym samym roku zwróciły Cerkwi władze świeckie (obiekty klasztorne w 1918 skonfiskowano i odtąd pełniły funkcje świeckie, m.in. więzienia, mieszkań, instytutu sztuki)A. Nizowskij, Samyje znamienityje monastyri i chramy Rossii, Wecze, Moskwa 2000, .. W kolejnych latach archimandryta Aleksy działał na rzecz odbudowy monasteru jako ośrodka życia duchowego i przyczynił się do odzyskania przez niego pozycji jednego z najważniejszych prawosławnych centrów w MoskwieCкончался владыка Алексий, архиепископ Костромской и Галичский.