W części drugiej można zapoznać się z życiem św. Maksymiliana Kolbego – zaczynając od dzieciństwa, przez młodość i studia, aż po jego działalność w Polsce i w Japonii na polu wydawniczym i misyjnym. Zamieszczone reprodukcje przedwojennych fotografii z podpisami pokazują także, jak krok po kroku powstawał i funkcjonował wielki klasztor-wydawnictwo, zwany Niepokalanowem. Znajduje się tu również replika jego drugiej celi zakonnej, gdzie mieszkał od połowy 1936 roku (po powrocie z Japonii) do lutego 1941 (kiedy został aresztowany).
Trzecia, ostatnia sala prezentuje eksponaty pochodzące z misji franciszkańskich, prowadzonych w takich krajach, jak Japonia, Brazylia, Zambia, Peru, Kenia czy Tanzania. Eksponaty te zostały przywiezione w większości przez pracujących tam misjonarzy. Są tu również pamiątki, ukazujące sławę pośmiertną oraz ogłoszenie świętym Męczennika z obozu w Auschwitz. Ponadto w 1986 r. jeden z byłych więźniów niemieckich obozów koncentracyjnych przekazał do muzeum w Niepokalanowie swój więzienny pasiak.