W listopadzie 1929 jednostka została przeformowana w 5 batalion saperów i podporządkowana dowódcy 4 Brygady Saperów. Wiosną 1934, po kolejnej reorganizacji wojsk saperskich, batalion został podporządkowany dowódcy 2 Brygady Saperów w Krakowie, a na początku grudnia 1934 włączony w skład 2 Grupy Saperów.
W styczniu 1935 roku na bazie batalionu została sformowana 23 kompania saperów.
Organizacja batalionu saperów w 1929 dowództwo: dowódca /płk/, zastępca dowódcy, drużyna dowódcy stan osobowy – 3 oficerów, 3 podoficerów, 2 pracowników cywilnych, kwatermistrzostwo: kwatermistrz /ppłk – mjr/, oficer mobilizacyjny, oficer administracyjno–materiałowy, oficer żywnościowy, płatnik, personel pomocniczy, stan osobowy wynosił – 7 oficerów, 14 podoficerów, 4 urzędników wojskowych, kompania administracyjna: dowódca /kpt./, drużyna dowódcy, pluton administracyjny (dwie drużyny), pluton taborowy (trzy drużyny) stan osobowy – 1 oficera, 7 podoficerów i 57 żołnierzy, pluton łączności: dowódca /kpt./, zastępca dowódcy, dwie drużyny stan etatowy liczył – 1 oficera, 4 podoficerów i 20 szeregowców kompania saperów: dowódca /kpt./, drużyna dowódcy, trzy plutony (po trzy drużyny saperskie) stan liczebny kompanii wynosił – 5 oficerów, 13 podoficerów oraz 102 saperów kompania szkolna: dowódca /mjr/,