Po 1989 roku i zmianach politycznych w Polsce „Gazeta Olsztyńska” wciąż pozostawała oficjalnym organem PZPR, lecz usunięto z winiety hasło o proletariuszach („Proletariusze wszystkich krajów łączcie się!”) zastępując je Czwartą Prawdą Związku Polaków w Niemczech z 1938 roku: „Co dzień Polak Narodowi służy”. Gdy w 1990 roku weszła w życie ustawa o likwidacji koncernu RSW powołano specjalną komisję likwidacyjną.
Od 1 stycznia 1999 roku Gazeta Olsztyńska ukazuje się na obszarze całego województwa warmińsko-mazurskiego poza powiatami ziemskimi Elbląg i Braniewo i miastem Elbląg. Na wspomnianym obszarze ukazuje się jako Dziennik Elbląski – codzienna gazeta poruszająca istotne tematy dla społeczności Elbląga, Pasłęka, Fromborka oraz Braniewa.
W listopadzie 1999 roku „Gazeta Olsztyńska” przeszła pierwszą rewolucję związana ze zmianą formatu i szaty graficznej, na nowoczesną i bardziej konkurencyjną na rynku. Kolejna zmiana szaty graficznej nastąpiła w maju 2004 r. Zmiany w wyglądzie „Gazety Olsztyńskiej” miały miejsce też w grudniu 2006 r. W sierpniu 2012 roku „Gazeta Olsztyńska” wprowadziła nowy kwadratowy format wydania sobotniego, które w większości stało się wydaniem skupionym na reportażach i wywiadach z ciekawymi ludźmi.