Uczestniczył w kolejnych akcjach przeciw podziemiu antykomunistycznemu. W 1947 podając się za przedstawiciela „okręgu NSZ” nawiązał kontakt z ks. Rudolfem Marszałkiem. Brał też udział w wymierzonej przeciwko Zrzeszeniu WiN Operacji Cezary. Podawał się za szefa informacji V Komendy WiN. W lipcu 1948 został awansowany do stopnia majora. Dla uniknięcia dekonspiracji w maju 1949 przeszedł na etat niejawny, a w lutym 1950 formalnie przeniesiony w stan nieczynny. Po zakończeniu w grudniu 1952 operacji Cezary przez dłuższy czas rozważano jego powrót do służby jawnej. Ostatecznie, z dniem 17 grudnia 1953 został naczelnikiem Wydziału III Departamentu III MBP (od 1 stycznia 1955 Komitetu do spraw Bezpieczeństwa Publicznego). Od 7 grudnia 1955 do 10 maja 1956 był wicedyrektorem Departamentu III. Od 28 listopada 1956 do 1 lipca 1958 był naczelnikiem Wydziału IX, od lipca 1958 do 1 maja 1961 naczelnikiem Wydziału VIII (był to ten sam wydział ze zmienionym numerem)Witold Bagieński Wywiad cywilny Polski ludowej w latach 1945–1961. Tom 2, wyd. IPN, Warszawa 2017, s. 472, 475., od 4 maja 1961 naczelnikiem Wydziału III Departamentu I Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.