Był sceptyczny wobec zapewnień dyktatora, że Włochy mają wystarczająco dużo sprzętu wojennegoHr. Galeazzo Ciano, op. cit., s. 316.
Pomimo klęsk włoskiej armii na wszystkich frontach, utracie kolonii i lądowaniu aliantów zachodnich na Sycylii Wiktor Emanuel III nie był w stanie samodzielnie podjąć decyzji o zdymisjonowaniu Duce. Uczynił to dopiero po tym, jak decyzję o jego dymisji 25 lipca 1943 roku przegłosowała Wielka Rada Faszystowska. Tego samego dnia Wiktor Emanuel III przyjął Mussoliniego na ostatniej audiencji. Po jej zakończeniu z rozkazu króla został on aresztowany. Nowym szefem rządu został marszałek Pietro Badoglio. Król doprowadził także do rokowań z aliantami.
Abdykacja i schyłek życia Chcąc ratować monarchię włoską, skompromitowaną współpracą z faszyzmem, 9 maja 1946 abdykował na rzecz syna, Humberta II. W tym samym roku na mocy referendum utworzono we Włoszech republikę (większością 55% głosów) i obaj monarchowie wyemigrowali do Egiptu.
Wiktor Emanuel był namiętnym zbieraczem monet i ich znawcą o sławie światowej. Całą kolekcję ukradziono mu w Kairze.