Sieć ta została stworzona przez Mariusza Świtalskiego, byłego właściciela firmy Elektromis oraz założyciela hurtowni Eurocash oraz sklepów Biedronka. Punkty sprzedaży Żabki otwierane były w miejscowościach powyżej 5 tys. mieszkańców i w październiku 2005 roku działało ich już na rynku 1700.
Od 2006 do kwietnia 2015 roku prezesem spółki był Jacek Roszyk, który wcześniej rozwijał także sieć dyskontów Biedronka. W maju 2007 roku Mariusz Świtalski sprzedał sieć Żabka czeskiemu inwestorowi Penta Investments„Żabka sprzedana za pół miliarda”, wyborcza.pl, 31.5.2007.. 30 maja 2008 roku doszło do połączenia dwóch spółek: Żabka Polska SA i Anura SA, poprzez przejęcie przez spółkę Anura spółki Żabka Polska„Anura przejęła sieć sklepów Żabka”, portalspożywczy.pl, 10.6.2008..
W 2009 roku Żabka Polska otworzyła nową sieć sklepów convenience w konwencji deli (oferujące markowe produkty FMCG oraz usługi, których asortyment został poszerzony o dania gotowe oraz ciepłe przekąski i produkty ekologiczne) pod marką Freshmarket„Formaty handlu – skok od żabki do Freshmarketu”, detaldzisiaj.pl,31.3.2009..
W maju 2011 roku fundusz inwestycyjny MidEuropa zakupił 100% udziałów w Żabka Polska.