Bezpośrednio przed wybuchem wojny, w sierpniu 1939 r. zorganizował Hufiec Pogotowia Wojennego, którego został komendantem. Podczas okupacji hitlerowskiej zaangażował się w działalność konspiracyjną, w listopadzie nawiązał kontakt z organizacją wojskową Orła Białego w Krakowie, a w grudniu został zaprzysiężony i skierowany do konspiracyjnej pracy na odcinku harcerskim. W marcu 1940 r. zorganizował w Mościcach dwa pierwsze zastępy Szarych Szeregów, których liczebność w krótkim czasie wzrosła do ponad 100 osób. Hm. Wincenty Mucha, pseud. "Komar", "Żmudziński", "Ponury", został mianowany komendantem Szarych Szeregów i utrzymywał stałe kontakty z przedstawicielami tej organizacji w Warszawie, Krakowie, Bochni, Brzesku, Dąbrowie Tarnowskiej, Dębicy, Jaśle i Krośnie. W kręgu jego działania było ponad 600 członków Szarych Szeregów. Ściśle współpracował z placówką Armii Krajowej "Monika", zajmując się informacją i propagandą, kolportażem konspiracyjnych gazet oraz prowadzeniem szkoleń. Współdziałał w produkcji i transporcie materiałów wybuchowych na terenie fabryki. Pod koniec okupacji pełnił funkcję komendanta Ula "Smok" w Krakowie. Za całokształt ofiarnej, niebezpiecznej i skutecznej pracy konspiracyjnej został w 1943 r.