W roku 1948 otrzymał zlecenie na ponad 100 drzeworytów do książki Georga Weertha „Szkice humorystyczne z życia niemieckiego handlu”.
W roku 1951 został mianowany docentem Szkoły Wyższej Sztuk Pięknych i Użytkowych, 1956 został profesorem grafiki książkowej i typografii.
W roku 1956 został Klemke współzałożycielem Pirckheimer-Gesellschaft – stowarzyszenia bibliofilów im. Willibalda Pirckheimera (1470-1530).
W roku 1961 został mianowany członkiem rzeczywistym Akademii Sztuki NRD. Trzykrotnie został odznaczony Nagrodą Państwową NRD.
Włoskie miasto Certaldo nadało mu godność honorowego obywatela za ilustracje do Dekamerona, dzieła związanego z tym miastem Giovanniego Boccaccia.
W roku 1982 przeszedł Klemke na emeryturę, cztery lata później uległ wylewowi, który pozbawił go możliwości pracy twórczej.
Twórczość Werner Klemke opracował graficznie ponad 800 książek, zarówno z literatury klasycznej, jak i literatury dziecięcej. Do miesięcznika „Das Magazin” stworzył od stycznia 1955 do lutego 1990 ponad 400 dowcipnych okładek, na których zawsze pojawiał się czarny kotek – jego znak firmowy. Projektował też znaczki poczty NRD. Zajmował się chętnie drzeworytem, szczególnie precyzyjnym drzeworytem sztorcowym. Projektował także witraże.