Prost podpisał również trzyletnią umowę z Peugeotem na dostarczanie silników, która miała obowiązywać od sezonu 1998.
mały|lewo|Alain Prost W sezonie 1997 Prost, podobnie jak Ligier w sezonach 1995–1996, korzystał z silników Mugen Honda. Podstawowymi kierowcami w tamtym sezonie byli Olivier Panis (który wywalczył ostatnie zwycięstwo dla Ligiera) oraz Shinji Nakano; po wypadku Panisa w Grand Prix Kanady na siedem Grand Prix zastąpił go Jarno Trulli. Zespół zdobył w sezonie 1997 21 punktów, co dało mu szóste miejsce w klasyfikacji generalnej.
W roku 1998 kierowcami Prost Grand Prix byli Panis i Trulli. Zaprojektowany przez Loïka Bigois Prost AP01-Peugeot był zawodny i źle się prowadził, a problemy sprawiała także skrzynia biegów. Zaowocowało to jednym punktem w trakcie całego sezonu, wywalczonym przez Trullego w chaotycznym Grand Prix Belgii. W trakcie sezonu zespół zmienił siedzibę, przenosząc się ze starej bazy Ligiera w Magny-Cours do nowej fabryki w Guyancourt. W grudniu 1998 roku, ze względu na niezadowalające rezultaty modelu AP01, zatrudniono w charakterze konsultanta technicznego Johna Barnarda.