Według przekazu J. Bobrowicza opactwo cystersów w Obrze zostało ufundowane w 1231 roku przez Sędziwoja, kantora katedry w Gnieźnie. Obra była własnością znanego już w XII w. rodu Niałków herbu Jeleń. W 1280 r. z nadania Przemysła II wieś lokowano na prawie niemieckim. Król Jan III Sobieski wydał 9.05.1686 r. opatowi Bernardowi Miaskowskiemu przywilej na założenie miasta o nazwie Bernardowo, co nie zostało zrealizowane ze względu na śmierć opata.
W 1513 we wsi wyznaczono strażnicę celną (łac. custodia) leżącą na drodze z Gdańska przez Poznań do Frankfurtu. W 1563 rejestry podatkowe odnotowały pobór od jednego łana sołtysa, od 11 rybaków, 2 karczm dziedzicznych oraz dwóch kramarzy, 5 rzemieślników, młyna walnika o 2 kołach wodnych, młyna korzecznika poruszającego piłę. W 1566 miał miejsce pobór od łana sołeckiego, 2 karczm dziedzicznych, 11 rybaków, 13 zagrodników z rolami, 14 chałupników, 4 rzemieślników, jednego handlarza, młyna walnika o 2 kołach, młyna korzecznika poruszającego piłę. W 1571 odnotowano pobór podatków od karczmy dziedzicznej, 10 rybaków, 13 zagrodników, 14 komorników, 2 rzemieślników, młyna o 2 kołach.