W 1910 r. został mianowany proboszczem swojej rodzinnej parafii w Totatiche. Poza duszpasterstwem, prowadził działalność społeczną. Wspierał rozwój rolnictwa, np. wprowadził nawadnianie pól dzięki budowie tamy Candelaria. Założył kilka szkół podtstawowych, zespół muzyczny, otworzył hospicjum w Azqueltán, a także dom opieki dla osób starszych. Prowadził działalność misyjną wśród Indian Huiczoli. W swojej działalności apostolskiej szczególny nacisk kładł na propagowanie miłości bliźniego. Po zamknięciu przez władze państwowe seminarium duchownego w Guadalajarze stworzył w swojej parafii małe tajne seminarium, które wydało szereg księży, m.in. zabitego razem z nim ks. Agustín Caloca, również kanonizowanego.
31 lipca 1926 roku władze Meksyku wydały dekret o zawieszeniu publicznego kultu, zabroniono sprawowania Mszy św. w kościołach. Zagranicznych księży wydalono, prywatne szkoły prowadzone przez katolików uznano za nielegalne i zamknięto, zlikwidowano także wiele organizacji charytatywnych należących do Kościoła.