Kolejne 10 lat spędził na dworze księcia Toskanii Kosmy I, unikając kwestii religijnych i pisząc utwory o tematykach politycznej i miłosnej.
Działacz reformacji Narastająca presja ze strony Inkwizycji sprawiła, że w 1574 przeniósł się do ośrodka wolnomyślicielstwa – Bazylei, gdzie w 1578 opublikował swoje najbardziej oryginalne dzieło: O Jezusie Chrystusie Zbawicielu, które negowało znaczenie śmierci Chrystusa na krzyżu jako odkupienia grzechów, a podkreślało rolę Jezusa jako nauczyciela ludzkości, której wskazał drogę do osiągnięcia zbawienia (główne znaczenie nie przypisywał wierze, ale etyce postępowania ludzi). Socyn zaprzeczał także istnieniu grzechu pierworodnego jako sprzecznego z logiką, twierdząc, że grzech obciążać może jedynie jego sprawcę Adama, a nie całą ludzkość. Wierzył w możliwość doskonalenia człowieka, który przez rozwój nauki i techniki w końcu wyzwoli się od cierpień i klęsk. Podróżował również do Zurychu i Siedmiogrodu.