Po wyborach stanowych z 1996 utraciła fotel premiera na rzecz swojego głównego politycznego rywala, Muthuvela Karunanidhiego. Nie uzyskała też mandatu. 6 grudnia 1996 została aresztowana w związku z zarzutami korupcyjnymi. W 1998 roku udzieliła poparcia rządowi centralnemu stworzonemu przez koalicję z BJP na czele. Wycofała je jednak już rok później. Doprowadziło to do utraty większości przez gabinet, następnie zaś do przyspieszonych wyborów. Na stanowisko powróciła 14 maja 2001, jednak już 14 września tego samego roku została zdymisjonowana po ponownie pojawiających się oskarżeniach o korupcję.
Po raz trzeci premierem tamilskiego rządu stanowego została 2 marca 2002. Piastowała tę funkcję do 12 maja 2006. Następnie była liderką opozycji w Zgromadzeniu Ustawodawczym Tamil Nadu.
Zwycięstwo jej partii w wyborach stanowych w 2011 umożliwiło jej ponowne objęcie stanowiska premiera. Została zaprzysiężona 16 maja 2011. Po raz kolejny uzyskała również miejsce w parlamencie.