udał się do Królewca, gdzie nauczał kilku młodych polskich szlachciców, a później został rektorem szkoły w Knipawie. Tam wciąż zajmował się astrologią, aż, podczas wizyty w Wittenberdze, Melanchton skierował jego uwagę ku teologii i przekonał o potrzebie rozróżnienia Prawa i Ewangelii. Jego pracę nauczycielską przerwała zaraza. Wraz z zięciem Melanchtona, Georgiusem Sabinusem udał się do Zalewa, gdzie rozpoczął pracę teologiczną. W 1550 roku powrócił do Królewca, gdzie książę mianował go swoim bibliotekarzem. Tam przekonał się, że za astrologią nie leżą żadne pewne postawy, i poświęcił się teologii, studiując Biblię w językach oryginalnych, Ojców Kościoła i dzieła ówczesnych teologów.
Z powodu sporu o naukę o usprawiedliwieniu prezentowaną przez Andreasa Osiandra, której był przeciwny, Chemnitz opuścił Królewiec i w kwietniu 1553 roku powrócił do Wittenbergi. Tam przez jakiś czas wykładał, jednak niedługo później udał się do Brunszwiku, by osiąść tam na stałe. Tam został koadiutorem superintendenta, a w 1567 roku superintendentem, którym był aż do 1584 roku, kiedy zły stan zdrowia zmusił go do ustąpienia z urzędu. Chemnitz nie był utalentowanym kaznodzieją, jednak dzięki swej pracy został jednym z najbardziej cenionych teologów swoich czasów i brał udział we wszystkich ważniejszych sporach teologicznych.