Poza tym w pięcioletnim okresie przejściowym po wejściu w życie Traktatu amsterdamskiego (1 maja 1999 – 1 maja 2004) Komisja Europejska dzieliła prawo inicjatywy prawodawczej z państwami członkowskimi w obrębie tytułu IV Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską (wizy, imigracja, azyl, współpraca sądowa w sprawach cywilnych).
Parlament Europejski oraz Rada Unii Europejskiej posiadają prawo inicjatywy prawodawczej pośredniej, które oznacza, iż mogą one żądać od Komisji Europejskiej przedłożenia określonej inicjatywy prawodawczej. Niemniej żądanie to nie tworzy dla Komisji obowiązku prawnie wiążącego. Od oceny Komisji zależy, czy wystąpi z określoną inicjatywą, a jeśli tak, to jaka będzie jej treść.
W obszarze wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa (dawny II filar) prawo inicjatywy należy do Rady Europejskiej oraz Rady Unii Europejskiej. Jednak Rada UE może żądać od Komisji przedstawienia „wszelkich właściwych propozycji”, co uprawnia do stwierdzenia, iż pośrednie prawo inicjatywy prawodawczej w tym obszarze może posiadać Komisja Europejska.