Rewoltę ikonoklastów w czasie reformacji (1524–1526) kościół i jego figury z terakoty zniosły na ogól bez uszczerbku. Ciężkich strat doznał kościół za to w latach 1558–1583 podczas wojen inflanckich między państwem polsko-litewskim a Szwecją, Danią i Carstwem Rosyjskim o ziemie zakonu inflanckiego. Po zakończeniu konfliktu został odbudowany. W 1671 hełm wieży pokryto blachą. Z 1683 pochodzi najstarszy plan przykościelnego cmentarza.
Kościół mocno ucierpiał podczas wojny północnej. W 1704 należące wówczas do Szwecji Tartu zajęły oddziały rosyjskie. W lipcu 1708 rozpoczęły one pod dowództwem gen. Borisa Szeremietiewa systematyczne niszczenie miasta. Zniszczona została górna część wieży kościelnej, nawa środkowa oraz prezbiterium. Spłonęły ołtarz i drogocenna ambona. Dwa z trzech dzwonów zabrano do kościoła w Narwie a trzeci do cerkwi w Tartu. Nie udało się ich już odzyskać.
Dopiero w 1737 rozpoczęła się restauracja kościoła. 1 maja 1739 trzon wieży ponownie został zwieńczony hełmem;