W tym czasie Melanchton zmarł, a Selnecker znalazł się pod wpływem swego teścia, Daniela Greisera, i stał się zaciekłym polemistą. Z tego powodu pojawiła się opozycja względem niego. Przeciwnicy wykorzystali fakt, że w jednym z kazań Selnecker zaatakował zamiłowanie księcia do łowiectwa, i w 1564 roku opuścił on Drezno. Następnego roku przyjął zaproszenie do Jeny, jednak dwa lata później on i jego towarzysze, należący do grupy flipistów, musieli opuścić kraj po objęciu tron przez księcia Jana Wilhelma. Powrócił więc do elektora Augusta, który w 1568 powierzył mu profesurę na Uniwersytecie w Lipsku, został też proboszczem kościoła św. Tomasza i superintendentem. W 1570 roku uzyskał od elektora pozwolenie, na opuszczenie go na dwa lata, i udał się do Wolfenbüttel, gdzie został kaznodzieją nadwornym, radcą kościelnym i superintendentem generalnym. Jednak został tam wciągnięty w liczne spory teologiczne, będąc oskarżany przez filipistów o popieranie poglądów Flaciusa, a przez gnezjoluteranów o przyjaźń z odstępczymi teologami wittenberskimi. Jedynym rozwiązaniem było przedstawienie swych poglądów na piśmie, więc, podczas swego pobytu w Gandersheim, napisał dzieło Institutio religionis Christianæ.