W sezonie 1997/1998 Alit uplasował się w ligowej tabeli na 5. miejscu, tracąc do zwycięzcy rozgrywek, Orląt Łuków siedem punktów. Gorszy bilans bezpośrednich spotkań z Lublinianką Lublin spowodował, że klub nie zajął wyższego miejsca. W następnych rozgrywkach w stawce 18 zespołów Alit uplasował się na 13. lokacie. Wynik ten oznaczał spadek do IV ligi, gdyż wówczas zdegradowanych zostało sześć ostatnich drużyn. W sezonie 1999/2000 drużyna Alitu walczyła o powrót do III ligi. Klub zajął trzecią lokatę, ale nie dała ona awansu – promocję wywalczyły Pogoń Staszów i Łada Biłgoraj. W następnych rozgrywkach Alit wygrywając 16 meczów, przegrywając 15 spotkań oraz remisując trzy razy, uplasował się w środku tabeli, na ósmym miejscu.

W latach 2001–2008 klub nadal występował w IV lidze, a najbliżej awansu był w sezonie 2001/2002, gdy zajął drugie miejsce za Nidą Pińczów. 7 stycznia 2007 obradujące w Warszawie walne zgromadzenie sprawozdawczo–statutowe Polskiego Związku Piłki Nożnej przyjęło nową strukturę piłkarskich rozgrywek centralnych od sezonu 2008/2009 – cztery ligi centralne, od ekstraklasy przez pierwszą, dwie grupy drugiej do ośmiu grup trzeciej ligi. W wyniku tej reformy w sezonie 2007/2008 z IV ligi spadło osiem drużyn, w tym Alit.