3 czerwca car został zmuszony do wydania ludowi Pleszejewa, który został zamordowany. Buntownicy podpalili Białe Miasto i Kitajgród, dzielnice zamieszkiwane przez bojarów. Doszło do złupienia około 70 domów, należących do najbardziej znienawidzonych przez mieszkańców Moskwy bojarów, kupców i okolniczych. Piotr Trachaniotow próbował salwować się ucieczką, ale został schwytany i zabity 5 czerwca.
Druga faza buntu 6 czerwca z powstania wycofali się strzelcy, którym obiecano zapłatę zaległego żołdu i podwyżkę. Mimo to car 11 czerwca złożył z urzędu Borysa Morozowa i wysłał go do monasteru Cyrylo-Biełozierskiego. Po tym wydarzeniu powstanie zaczęło wygasać i tracić poparcie mieszkańców Moskwy. Chcieli to wykorzystać bojarowie ze środowisk nieprzychylnych Morozowowi. Grupą tą kierowali książę Jakow Czerkaski i Nikita Romanow. Zaczęli oni dzielić pieniądze i ziemię między swoich stronników, poczynili też wiele ustępstw wobec buntowników, np. zgodzili się na odroczenie spłaty zaległych podatków. Rząd dążył do wprowadzenia podziałów między rebeliantami a gdy to się udało i stracili oni poparcie, szybko się z nimi rozprawił, dokonując aresztowań i egzekucji.