W kwietniu 1939, po inwazji włoskiej na Albanię, Margaret Hasluck jako współpracowniczka wywiadu brytyjskiego została zmuszona do opuszczenia kraju. Wyjechała do Aten, a w 1940 do Stambułu. W tym czasie pełniła funkcję doradcy rządu brytyjskiego d.s. albańskich. Współpraca z SOE została uhonorowana przyznaniem Hasluck w 1944 Orderu Imperium Brytyjskiego V klasy (MBE). Koniec wojny zastał ją w Kairze, gdzie zdiagnozowano u niej białaczkę. Ostatnie miesiące życia spędziła w Dublinie, gdzie zmarła w 1948. Pochowano ją w grobowcu rodzinnym w Moray.
W czerwcu 2010 dom w Elbasanie, w którym mieszkała Hasluck został zamieniony w Dom Nadziei (alb. Shtëpia e Shpresës) dla dzieci osieroconych, a ona sama otrzymała tytuł Honorowej Obywatelki Elbasanu.
Dorobek naukowy Margaret Hasluck obejmuje prace z zakresu archeologii, językoznawstwa i antropologii. Pośmiertnie, w 1954 wydano jej najbardziej znane dzieło poświęcone albańskiemu prawu zwyczajowemu.