Napisał komentarz do Listu do Tytusa (1530) i dokonał przekładu Andrii Terencjusza (1544), tłumaczył komentarze Melanchtona do listów Pawła, zaczął także zbierać i objaśniać przysłowia niemieckie. W swym pierwszym zbiorze przysłów zawarł kilka krytycznych uwag wobec Ulryka Wirtemberskiego, co wywołało negatywną reakcję zarówno samego Ulryka, jak i protektora Agricoli, Filipa Wielkodusznego. Wydarzenia te wpłynęły na późniejszą postawę Agricoli.
Relacje Agricoli z Melanchtonem uległy pogorszeniu w 1526 roku. Wtedy to na Uniwersytecie w Wittenberdze planowano utworzyć nową posadę profesora teologii. Agricola wiązał z nią swoje nadzieję, jednak ostatecznie powierzono ją komuś innemu. Dlatego też w 1527 roku Agricola rozpoczął spór antynomistyczny od ataku na Melanchtona, a nie Lutra. Wtedy to, po tym jak Filip Melanchton w Sprawozdaniu z wizytacji Kościoła saksońskiego wyraził opinię, że w kazaniach należy sprawować także Prawo Boże (Zakon), Agricola wysunął przeciwko niemu oskarżenie, że prowadzi on chrześcijan z powrotem do Kościoła rzymskiego. Sam uważał, że chrześcijanom należy głosić jedynie Ewangelię, która prowadzi do pokuty, gdy Prawo powoduje jedynie rozpacz. W listopadzie 1527 roku doszło do spotkania Lutra, Melanchtona, Bugenhagena i Agricoli, podczas którego zawarto ugodę, którą Agricola uznał za zwycięstwo.