Latem 2007 roku Kaczmarek trafił do beniaminka drugiej ligi, Znicza Pruszków. Zadebiutował w nim 29 lipca w wygranym 2:0 pojedynku z Pelikanem Łowicz. Dwa dni później, w meczu pucharu Polski ze Startem Krasnystaw strzelił swojego pierwszego gola. 30 września zdobył dwie bramki w meczu z Odrą Opole i zapewnił swojemu zespołowi cenne trzy punkty. W sezonie 2007/2008 regularnie pojawiał się na boisku. Ostatecznie Znicz zakończył rozgrywki na piątym miejscu w tabeli i od awansu do Ekstraklasy dzielił go tylko gorszy bilans meczów bezpośrednich z Arką Gdynia.
Występy w sezonie 2008/2009 Kaczmarek rozpoczął od meczu z GKS-em Jastrzębie, w którym zagrał pełne 90 minut. 21 września zdobył dwa gole w pojedynku z Flotą Świnoujście czym w znacznym stopniu przyczynił się do zwycięstwa 4:1. Znicz w nowo utworzonej pierwszej lidze po raz kolejny potwierdził swoje aspiracje do awansu do Ekstraklasy i uplasował się na szóstym miejscu w tabeli. W pucharze Polski odpadł w I rundzie, przegrywając z drugą drużyną Lechii Gdańsk. Kaczmarek wystąpił łącznie w 30 meczach, w których zdobył trzy gole. thumb|left|160px|Paweł Kaczmarek jako zawodnik Motoru Lublin w 2017 W sezonie 2009/2010 Kaczmarek po raz kolejny odegrał znacząca rolę w swoim zespole.