W 1682 Bayle ukończył pracę nad dziełem Myśli różne o komecie, zainspirowanym pojawieniem się nad Francją komety w 1680 i reakcjami społeczeństwa na ten fakt. Esej ten poruszał również tematykę religijną, krytykując tradycyjne wyznania Francuzów. W 1684 Bayle rozpoczął publikację miesięcznika „Nouvelles de la République des lettres”, który zawierał przede wszystkim recenzje niedawno opublikowanych dzieł literackich oraz krótkie opowiadania. W formie „listów do redakcji” Bayle publikował w miesięczniku również własne refleksje filozoficzne, w tym na tematy religijne. Fakt podjęcia przez filozofa tych zagadnień sprawił, że królewska cenzura we Francji wydała zakaz publikacji i kolportażu pisma na terenie tego kraju. Mimo tego Bayle kontynuował redagowanie pisma do wiosny 1687, kiedy gazeta zbankrutowała.