Po przedwczesnej śmierci dwojga dzieci, pojawiły się spory o edukację syna Kosmy, którego Ferdynand chciał wykształcić w nowoczesny sposób. Ostatecznie Wiktoria przekonała męża i kształciła syna w duchu katolickim. Krótko po narodzinach Kosmy, para przeszła w stan separacji, czego przyczyną był fakt przyłapania wielkiego księcia in flagranti z hrabią Brutem della Molerą przez Wiktorię. Para pogodziła się w 1659 roku, czego owocem były narodziny Franciszka Marii, w 1660 roku. Ferdynand i Wiktoria byli nieudanym małżeństwem i mieszkali oddzielnie przez wiele lat.
Wielki książę Ferdynand II zmarł w 1670 roku; po nim tytuł odziedziczył Kosma, ożeniony wcześniej z kuzynką Ludwika XIV, Małgorzatą Luizą. Obie panie rywalizowały ze sobą o władzę. Kosma III przekazał matce zarząd nad bieżącymi sprawami Toskanii, włączając ją formalnie do consulty Wielkiego Księcia (Tajna Rada), co wywołało zazdrość Małgorzaty.
Kiedy Małgorzata Luiza opuściła jej syna w 1675 roku, Wiktoria została opiekunką ich dzieci: Anny Marii, Ferdynanda i Jana Gastona. Na starość zamieszkała w klasztorze Montalve, znanym jako Villa La Quiete, jak również Villa del Poggio Imperiale. Zmarła w Pizie w roku 1694.
Potomstwo W 1634 roku poślubiła Ferdynanda II Medyceusza i została wielką księżną Toskanii.