Ogólna charakterystyka obszaru Dybowska Dolina Wisły obejmuje utwory przyrodnicze, charakterystyczne dla teras: zalewowej i nadzalewowej rzeki Wisły. Przy średnim i niskim stanie wód, dno doliny zajmuje koryto rzeki z wynurzającymi się okresowo piaszczysto-mulistymi ławicami, które porasta efemeryczna roślinność. Podczas wezbrań zalewane są także tereny nadbrzeżne z dawnymi wyspami (kępami) połączonymi ze stałym lądem groblami. Na całym obszarze występują ciągi starorzeczy, porośnięte szuwarami.
Do doliny Wisły od południa przylega wysokie zbocze terasy akumulacyjnej, na której rozlokowana jest Puszcza Bydgoska. Na piaszczystych zboczach występują murawy kserotermiczne, zarośla tarniny, głogu, berberysu oraz drzewostany sosnowe i mieszane pochodzące z nasadzeń. W dolnych partiach zbocza zachowały się fragmenty wielogatunkowych łęgów oraz grądy kontynentalne.
Większość terenu Doliny porośnięta jest ziołoroślami i trawami z kępami drzew. Siedliska łęgów wierzbowych i topolowych koło Przyłubia zajmują natomiast zarośla wierzbowe wraz z ziołoroślami.