Od 1990 roku pułk realizował zadania rozpoznawcze w stosunku do obiektów rozmieszczonych od granicy na wschód – w obwodzie królewieckim, na Białorusi, Ukrainie, w Mołdawii. Zadania te obejmowały częściowo rozpoznanie na Bliskim Wschodzie, gdzie rozmieszczone były nasze kontyngenty wojskowe, w zakresie dostarczania niezbędnych informacjiTygodnik Przasnyski 39 (211) z 27 września 2012 r., s. 3.. Zadania rozpoznania radioelektronicznego stawiane były przez Ośrodek Koordynacji ulokowany w Sztabie Generalnym WP, który koordynował wszystkie jednostki radioelektroniczne WP (znajdowały się one w siłach powietrznych i w marynarce wojennej).
W 1991 roku przybył do pułku pierwszy kapelan ks. Wojciech Brzozowski.
17 sierpnia 1996 roku, w 45 rocznicę istnienia jednostki, wiceminister ON Andrzej Karkoszka wręczył sztandar nowego typu ufundowany przez społeczeństwo ziemi przasnyskiej. W 1996 roku 2 Pułk Rozpoznania Radioelektronicznego został przekształcony w 2 Pułk Radioelektroniczny istniejący do 2002 r.
Rozformowanie W wyniku decyzji Ministra Obrony Narodowej z 1 stycznia 2003 roku na bazie 2 Pułku Radioelektronicznego powstał 2 Ośrodek Radioelektroniczny.